Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından 2019 yılında restorasyonuna başlanan ancak yaklaşık 4 yıl boyunca süren restorasyonun ardından açılışı gerçekleştirilen Cacabey Medresesi'nde yeni bir restorasyon faciası daha yaşandı.Daha önce türbe üzerinde delik açılarak metal doğrama pencere yerleştirilen Medrese'nin etrafı ilk yoğun sağanak yağışın ardından tamamen suyla doldu.Arka kısımda yapılan çalışmaya rağmen yağmurlama sistemi yapılmayan medresenin görüntüsünü gören bir vatandaş, '' Atalarımız medrese yapıp uzay ile ilgili hesaplamalar yapmışlar, torunları restorasyon yaparken yağmuru hesaplayamıyorlar, gider koyamıyorlar'' yorumunda bulundu.

Cacabey Medresesi'nin etrafına dolan ve yapıyı çevreleyen su birikintisi, Kırşehir Belediyesi'ne bağlı itfaiye müdürlüğü ekipleri tarafından boşaltıldı.Biriken suyun medresenin içerisine zarar verip vermediği ise henüz bilinmiyor.

2019 yılında başlanan ve 18 milyon liraya mal olan restorasyon çalışması 26 Ocak 2023 tarihinde açılmıştı.